學院擁有福建福建省農村污水處理與用水安全工程研究中心、福建省生物技術重點實驗室、廈門市膜技術研發與應用重點實驗室、廈門市水資源利用與保護重點實驗室等4個省市級科研平臺，以及中央地方共建“固體廢物生物處置實驗中心”、“水環境污染控制系統工程實驗中心”、中加聯合膜技術教學與研究中心等優質資源。2018年獲得福建省科技進步二等獎（第一完成單位），2015、2017年分獲廈門市科技進步二等獎（第一完成單位），2014、2018年分獲福建省教學成果一、二等獎。環境工程專業于2018年通過中國工程教育專業認證。現有碩士生導師8人，中組部首批千人計劃人才1人，國家973首席科學家1人，“長江學者”2人，國家杰出青年科研人才2人，“閩江學者”1人，福建省高校新世紀優秀人才2人。其中高級職稱占50%，具有博士學位的占100%，具有留學經歷和工程背景的占80%。
環境工程于2008年與華北電力大學聯合培養碩士研究生，2012年與桂林理工大學聯合培養碩士研究生，目前已聯合培養多屆碩士研究生。本領域現有校企聯合培養基地包括廈門水務集團有限公司、廈門市環境監測中心站等企事業單位20余個，企業導師30余名，其中教授級高工3人。近三年畢業生一次性就業率為92%以上，畢業生多在福建環保企事業單位就業，用人單位滿意度調查均達到90%以上。
本領域主要面向環境工程、水務工程、環境科學、環境管理、水文與水資源工程、應用化學、生態學、材料化學、給排水科學與工程等專業招生碩士專業學位研究生。
